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質問者です。
実行時にVMに渡す以上は、当然仕様通りに展開されなければならないのは理解しています。
それらを踏まえた上で、何かデスクトップ寄りの例外的手法や隠蔽方法を探しています。商用で配布する以上は企業も何らかの措置を取るのではないかと思いました。
ご回答の通り、プロテクトも当てにはしていません。鼬ごっこが目に見えているので、抜本的方法が必要のようです。
とはいえ、C++に始まる他の言語もデコンパイルできないわけではないので、やむなしとすべきでしょうか……。
やはりJavaのデスクトップアプリケーションが普及しない（Windowsネイティブに近づきすらしない）のは、これが理由だと思うのです。非常に勿体ない。
ご回答ありがとうございます。
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